2005年にJFLで優勝し、2006年からＪに参戦。四国では徳島ヴォルティスに続き２番目のＪ昇格。

1年目９位、２年目10位の成績をおさめた愛媛ＦＣ。リーグ戦では好成績が残せなかったが、天皇杯2007ではアジア王者の浦和レッズに２−０で勝利。その後横浜ＦＣにも勝利し、見事ベスト８入りを果たす。

2006シーズン終了時には多く選手が移籍・引退し、2007シーズンはイチからのチームづくりが必要でした。

ただ、2008シーズンは選手の入れ替えもある程度落ち着き、そろそろチームのカタチが出来上がりそうな予感。2008シーズンの愛媛ＦＣは、期待できそうです（＾_＾）